Το χρώμα που εκπέμπει ένα ορυκτό, (και κατά συνέπεια ένας πολύτιμος λίθος) αλλά και οποιοδήποτε υλικό στη φύση, παράγεται ως εξής: Το φυσικό φως πέφτει πάνω στο ορυκτό. Όπως είναι γνωστό, το φυσικό φως περιέχει όλα τα χρώματα. Το ορυκτό θα απορροφήσει όλα τα χρώματα του λευκού φωτός , εκτός από ένα. Αυτό το ένα χρώμα που δεν απορροφά το ορυκτό, αντανακλάται. Αυτό είναι και το χρώμα που βλέπει το μάτι μας.
Κάποια ορυκτά έχουν ένα συγκεκριμένο χρώμα, το οποίο υπάρχει στην ατομική δομή τους, όπως είναι το μπλε του αζουρίτη, και το πράσινο του μαλαχίτη, το πράσινο του περίδοτου και το κόκκινο του ροδοχρωσίτη. Τα ορυκτά αυτά ονομάζονται ιδιοχρωματικά (idiochromatic) Στις περισσότερες περιπτώσεις όμως, το χρώμα δεν υπάρχει μέσα στη δομή του ορυκτού, αλλά δημιουργείται από τις προσμίξεις που υπάρχουν στη μάζα του. Στην περίπτωση αυτή μιλάμε για αλλοχρωματικά υλικά (allochromatic)
Οι προσμίξεις αυτές συνήθως δεν υπερβαίνουν το 1% της μάζας. Οι προσμίξεις που είναι υπεύθυνες για το χρώμα ( άτομα ή ιόντα) έχουν την ονομασία χρωμοφόρα (chromophores). Αναλόγως με την ποσότητα της πρόσμιξης, το χρώμα του ορυκτού, είναι περισσότερο ή λιγότερο έντονο. Θα δώσουμε ένα παράδειγμα με τον βήρυλλο. Το ορυκτό αυτό είναι άχρωμο χωρίς προσμίξεις. Όταν όμως στη μάζα του υπάρχει σαν πρόσμιξη σίδηρος Fe 3+, παίρνει κίτρινο χρώμα και ονομάζεται ηλιόδωρο. Όταν σαν πρόσμιξη υπάρχει σίδηρος Fe2+, τότε ο βήρυλλος έχει γαλάζια απόχρωση και ονομάζεται ακουαμαρίνα. Αν υπάρχει συγχρόνως Fe3+ και Fe2+, το χρώμα γίνεται πράσινο. Αν η πρόσμιξη στο βήρυλλο είναι μαγνήσιο Mn2+, έχει ροζ χρώμα και λέγεται μοργκανίτης. Αν περιέχει μαγνήσιο Μn3+ το χρώμα γίνεται κόκκινο και λέγεται βιξβυίτης. Τέλος αν περιέχει χρώμιο Cr3+, ο βήρυλλος παίρνει ένα χαρακτηριστικό πράσινο χρώμα και λέγεται σμαράγδι. Ένα άλλο σημείο που πρέπει να σημειώσουμε είναι πως η ίδια πρόσμιξη δίνει διαφορετικό χρώμα σε διαφορετικά υλικά. Παράδειγμα το χρώμιο Cr3+ αν μπει σαν πρόσθετο στο κορούνδιο (Al2O3), δίνει κόκκινο χρώμα που είναι το ρουμπίνι. Αν υπάρχει σαν πρόσθετο στον βήρυλλο (Be3Al2(SiO3)6 ) δίνει πράσινο χρώμα που είναι το σμαράγδι. Η ίδια πρόσμιξη Cr3+ δίνει στον άχρωμο χρυσοβήρυλλο το μοβ χρώμα που είναι ο αλεξανδρίτης .
Ένα πολύπλοκο ζήτημα που προκύπτει είναι να μπορέσουμε να περιγράψουμε ακριβώς το χρώμα ενός ορυκτού και ειδικά ενός πολύτιμου λίθου. Για την πλήρη περιγραφή του χρώματος απαιτούνται τρία μεγέθη.
1) Απόχρωση (Hue). Το μάτι του ανθρώπου, μπορεί να δει μόνο ένα κομμάτι του ηλεκτρομαγνητικού φάσματος που ονομάζεται ορατό φάσμα. Το ορατό φάσμα χωρίζεται χοντρικά σε τέσσερις περιοχές α) Πράσινο 490nm-550nm β) Κίτρινο 550nm-590nm γ) Πορτοκαλί 590 nm-630nm δ) Κόκκινο 630nm-700nm. Στα όρια αυτών των τεσσάρων περιοχών υπάρχουν και τα υπόλοιπα χρώματα, μοβ, μπλε, κ.λ.π. Το GIA (Gemological Institute of America) για ακριβέστερο προσδιορισμό της απόχρωσης, έχει χωρίσει το ορατό φάσμα σε 31 επι μέρους αποχρώσεις. Έτσι μπορούμε να προσδιορίζουμε με μεγάλη ακρίβεια την απόχρωση του κάθε πολύτιμου λίθου.
2) Φωτεινότητα (Tone). Η φωτεινότητα είναι το μέγεθος που δείχνει πόσο ανοιχτόχρωμη ή σκουρόχρωμη είναι η συγκεκριμένη απόχρωση. Το GIA πρότεινε μία δεκάβαθμη κλίμακα της φωτεινότητας, όπου το νούμερο 1 είναι το εντελώς ανοιχτόχρωμο (ξεθωριασμένο), και 10 είναι το πολύ σκούρο, σχεδόν μαύρο.
3) Καθαρότητα.(Saturation). Η ανάμιξη πολλών χρωμάτων στην παλέτα του ζωγράφου δίνει σαν αποτέλεσμα ένα μουντό καφέ ή γκρι χρώμα. Μεγάλη καθαρότητα χρώματος σημαίνει πως το χρώμα που έχει ο πολύτιμος λίθος περιέχει μία μόνο απόχρωση. Μικρή καθαρότητα σημαίνει ανάμιξη πολλών αποχρώσεων στο χρώμα. Το GIA έχει καθορίσει ένα εξάβαθμο πρότυπο καθαρότητας του χρώματος των πολύτιμων λίθων, όπου ο βαθμός 1 είναι το πολύ αναμιγμένο, και ο βαθμός 6 είναι το απολύτως καθαρό.
Στα ορυκτά και ειδικά σε αυτά που είναι διάφανα, γίνονται διάφορα ενδιαφέροντα «παιχνίδια» με το φως και το χρώμα, όπως είναι ο διχρωισμός, το φαινόμενο του αλεξανδρίτη, κ.α. (βλ.οπτικά φαινόμενα)